L’article 6 de la directive 2011/92/CE du 13 décembre 2011 impose une séparation fonctionnelle dans le cas où l’autorité publique compétente pour autoriser un projet est en même temps chargée de la consultation en matière environnementale. Le Conseil d’État, dans un arrêt France nature environnement de 2017, avait jugé que, lorsque le préfet de région est compétent pour autoriser les projets, les services placés sous son autorité ne disposaient pas d’une autonomie réelle pour donner un avis (CE 6 déc. 2017, n° 400559, Dalloz actualité, 13 déc. 2017, obs. J.-M. Pastor ; Lebon T. p. 499 et 691